Fly Expres ako súkromné slovenské aerolínie vznikli v roku 1993 hneď po rozpade Československa. Oficiálny začiatok fungovania bolo 22. augusta, kedy lietadlo Airbus A320 spoločnosti Fly Express pristálo na letisku M.R. Štefánika v Bratislave.
Začínali sme len s jediným lietadlom a dvomi destináciami. Hlavné sídlo sme mali práve na Bratislavskom letisku, kde máme aj depo. Dnes tvorí vozový park Fly Expressu 5 lietadiel a letíme do desiatich destinácií.